Для записи идей, мыслей и прочего подойдут обычные заметочники. Однако если вам надо каким-то образом организовать все эти данные, то лучше воспользоваться специализированными приложениями. И вот вам моя подборка.
Logseq

Здесь вы сможете управлять задачами, записывать идеи, использовать флеш-карточки для напоминания, просматривать данные в виде графа и создать личную Wiki. Также для наглядности вы можете разложить всё содержимое вашей базы на доске.
Logseq — кроссплатформенное приложение: есть версии под Linux (AppImage), macOS, Windows, iOS и Android. Для последней ОС, правда, нет официальной версии в Play Store (придётся устанавливать APK-файл из сторонних источников).
Из минусов — новичкам, которые раньше вообще не имели дела с подобными приложениями, поначалу будет сложно разобраться, что здесь к чему.
Joplin

Вы можете использовать его как менеджер задач, заметочник, ежедневник или блокнот. К каждой записи можно добавлять хештеги. Также можно сохранять веб-страницы.
Ещё можно подключить облачные хранилища для хранения в них всех записей. Если вам мало встроенных возможностей, можете расширить их с помощью плагинов.
Также надо сказать, что программа поддерживает сквозное шифрование (если для вас это важно).
Trilium Notes

Это простой заметочник, который подойдёт для создания личной базы знаний. Вы можете структурировать заметки, как в Logseq (например, вести дневник и связывать записи между собой). Можно делать в заметках рукописные записи или что-то нарисовать.
Те, кому важна конфиденциальность, смогут шифровать свои заметки.
Из минусов — нет мобильной версии (только для Linux и Windows, ну и через раз работающая для macOS). Также нет нормальной возможности синхронизировать данные между устройствами.
AppFlowy

Альтернатива Notion для простого создания заметок и базы знаний. Вы можете установить приложение для Linux, Windows или macOS либо пользоваться сервисом онлайн, создав аккаунт (в этом случае вы сможете хранить данные в облаке). Также те, кому нужна синхронизация данных, могут прибегнуть к self-hosted решению.
Documize

Среда для работы с документами и управления базой знаний, которая упрощает ведение бизнеса (то есть для создания личной базы знаний она не очень подходит). Есть корпоративная версия и опенсорсное решение, в котором есть всё то же самое.
QOwnNotes

Простой заметочник, который позволяет легко организовывать заметки и добавлять к ним теги. Есть поддержка Markdown. Приложение может интегрировать с такими хранилками, как Nextcloud и ownCloud. Также вы можете расширить его возможности с помощью скриптов из репозитория.
Anytype

Децентрализованная кроссплатформенная программа, которую можно использовать как дневник, менеджер задач и вообще как блокнот для записи всего. Из фишек — организация данных по типу объекта, это поможет вам потом легко выдёргивать связанные объекты из разных записей.
Из минусов — исходный код проги доступен только при наличии лицензии, что вообще никак не вяжется с философией открытого кода.
Outline

Подойдёт для совместного создания и редактирования заметок и базы знаний. Есть поддержка Markdown.
Как и Anytype, эта прога распространяется под лицензией BSL, что ограничивает использование исходного кода.
Источник: https://itsfoss.com/