Pandoc — лучший выбор, если дело касается конвертации файлов из одного формата разметки в другой. Он работает со следующими форматами:
Pandoc распознаёт различные расширения синтаксиса Markdown (метаданные документа, сноски, списки и таблицы, умные кавычки, тире и многоточия, верхний и нижний индекс и многое другое). Эти расширения также можно отключить.
В Markdown-документах могут присутствовать математические формулы LaTeX (и даже макросы). Pandoc позволяет преобразовать их в Unicode, Word, MathML, roff и др.
Также в Pandoc есть мощная система для автоматического цитирования и библиографий. Например, если написать такую цитату:
[см. @doe99, стр. 33-35; также @smith04, гл. 1]
Инструмент преобразует её в правильно составленную цитату, а библиографию разместит в конце документа. Pandoc поддерживает такие библиографические форматы, как BibTeX, BibLaTeX, CSL JSON или CSL YAML, и любой выходной формат цитирования.
Можно легко настроить Pandoc под себя (например, с помощью систем шаблонов и создания фильтров).
Также здесь есть библиотека Haskell и автономная программа командной строки. Библиотека включает различные модули, что позволяет добавлять любые форматы входных/выходных данных.